原料问题一直是一个困扰生物质能产业的大问题，也是发展该产业必须面对和解决的问题。
根据不使用粮食和不占用耕地的基本方针及原则，我国从“十一五”开始实施非粮替代战略。
因生物质能涉及农业、林业、工业、能源和环境，原料问题的完美解决，可带来各方面的共赢。拓宽我国制造生物乙醇的原料，是一个较复杂的问题，涉及到原料收集、制备，能源作物、植物甚至微藻、水生植物等的培养。
首先，在农业、林业方面，应加大高产、耐贫瘠、抗逆性好的木薯、甜高粱等淀粉质或糖质原料以及能源林、能源草等纤维原料品种的培育，利用宜能非耕等边际性土地、盐碱地、沙漠等，大量种植，满足燃料乙醇生产的需要;同时，开发高效率的机械化收割、捆绑、就地成型、储存、运输等技术，降低原料成本。
其次，在环境治理方面，可结合污染土地治理，种植高产杂交水稻等，专门用于燃料乙醇的生产，但应严格管理，避免毒大米等流入餐桌。
结合水体治理，开发生长周期短、淀粉纤维质等含量高的浮萍等水生植物以及微藻等，作为未来生物质液体燃料的潜在原料。
另外，可利用近海海域大力发展富含淀粉、纤维和海藻多糖的大型海草(褐藻、红藻等)的种殖，同样也有巨大的转化燃料乙醇等液体燃料的发展潜力。
在政府的补贴方面，以安徽丰原生物化学股份有限公司为例，2005年该公司每吨燃料乙醇补贴1883元。
目前以粮食为原料的第一代燃料乙醇补贴标准为300元/吨，以木薯为原料的第1.5代燃料乙醇补贴标准为500元/吨，第二代燃料乙醇标准为800元/吨。
另外，对纤维乙醇这一有前景的液体燃料，对先进技术的研发应给予大力支持;对商品化的纤维乙醇工厂，应根据成本给予合理的补贴和税收优惠，促进其发展。
同时，燃料乙醇行业要加强自身的技术进步及产业链的延长，形成多联产的生物炼制产业，以降低成本。相信随着技术的进步和油价的上涨，燃料乙醇最终会摆脱对政府财政的依赖。
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