1、该项目变更环境影响评价文件未经环保部审批即擅自变更建设，违反了《环境影响评价法》的有关规定，违法行为已经查处。建设单位必须认真吸取教训，增强守法意识，维护企业的环境信用，杜绝违法行为再次发生。
2、该项目建设地点位于云南省滇中产业聚集区安宁组团草铺工业园区。2012年7月，环保部以环审〔2012〕199号文批复了《中国石油云南1000万吨/年炼油项目环境影响报告书》，建设内容主要包括新建1000万吨/年常减压蒸馏等15套主体装置。
该项目建设过程中主体工程建设规模、加工工艺以及公辅工程、储运工程和环保工程等内容发生变动，主要变动内容包括原油加工规模由1000万吨/年增至1300万吨/年，总体加工工艺路线在原“常减压蒸馏—蜡油加氢裂化—渣油加氢脱硫—重油催化裂化”全加氢工艺的基础上增加了延迟焦化。变动后，该项目主体工程仍为15套装置，其中渣油加氢脱硫和催化裂化2套装置规模不变，新增1×120万吨/年延迟焦化装置、取消1×15万吨/年聚丙烯装置，其余常减压、航煤加氢、异构化、硫磺回收等12套装置规模增加。储罐由118座增至153座，总罐容由179.37万立方米增至229.96万立方米，其中10万立方米原油储罐由4座增至10座。平面布置进行了调整，车用油品质量由欧IV升至国V。
2015年8月24日，环境保护部向中石油云南石化有限公司发出环法[2015]70号行政处罚决定书，叫停违法建设的云南安宁炼油项目，并处以20万元罚款。
项目擅自调整违规开工被叫停
虽然云南省属资源大省，油气资源却较为缺乏。由于一直以来并没有配置炼化基地，也使昆明成为每年闹“油荒”的重灾区。
2009年，中石油与缅甸能源部签署了中缅原油管道权利与义务协议，中缅两国计划筹建一条原油管道，建成后，海上进口原油和缅甸天然气资源将通过陆地输油管道的方式，绕开马六甲海峡直接输送至中国，而中石油则负责这条原油管道项目的建设与营运。
中石油1000万吨炼油项目便是中缅油气管道工程其中的一个配套项目，后来云南在与重庆的角逐中赢得了这个项目，中石油1000万吨炼油项目也曾一度令云南省政府引以为豪。此前，有专家分析，中石油1000万吨炼油项目在云南落成后，每年至少能给当地带来逾千亿元的GDP。
最终，炼油项目获批在云南省安宁市落户。安宁市位于云南省中部腹地，距离昆明市约40公里，区域内盐、铁、磷等资源储量巨大。该项目开建后，安宁市便把石油产业集群作为该市最重要的一个发展目标。
2012年，环保部审批了《关于中国石油云南1000万吨/年炼油项目环境影响报告书》。2013年2月开工建设。
之后不断被媒体曝光的信息显示，中石油云南石化分公司并未按照此前获批的环评报告进行建设，存在未批先建和擅自改变生产工艺的嫌疑。有环保组织从中石油云南石化分公司的招标公告等信息判断出项目已擅自将产量由1000万吨每年扩产至1300每年。
中石油2015年4月15日发布《中国石油云南1000万吨/年炼油项目优化调整环境影响评价信息公告》称，在项目建设过程中，建设单位拟对该项目进行优化调整，调整内容主要有：拟增设汽油加氢装置轻汽油醚化单元，汽、柴油全部达到国Ⅴ质量标准；拟增设制氢联合装置PSA4单元，回收氢气、节能降耗；优化废气、废水及固体废物治理等环境保护措施；拟增设延迟焦化装置，取消聚丙烯装置，对常减压等12套装置规模进行适应性调整，渣油加氢和催化裂化装置规模不变，项目原油加工能力从1000万吨/年调整为1300万吨/年；增加原油储存能力，优化调整项目总平面布置；项目建设地点不变。
