欧洲生物柴油工业自2003年起发展迅速，目前总产值高达130亿美元，位居全球前列。然而，近期的一些研究显示，生物柴油工业给环境带来的间接破坏几乎与其益处相当，欧盟可能将从法律上对其发展进行限制。（1美元约合6.47元人民币）
法国生物燃料巨头Sofiproteol公司主席翡丽·提拉斯博得（Philippe Tillous-Borde）表示：“这些研究为欧洲生物柴油行业的衰落平了道路。”
欧盟现行的政策要求，到2020年生物燃料使用率需从3%提高到10%。但近两年来，欧盟内部就这一目标对环境的间接负面影响程度一直在存在争论。分析显示，该目标可能会一次性间接造成约1000兆吨的二氧化碳排放。
路透社称，如果分析正确，这意味着欧盟的政策制定出现重大失误。报告指出：“（这一研究结果）对欧洲生物柴油工业具有重大的警示意义。由于传统生物柴油原料的大幅减少，长期行业投资将受到影响。”
此外，报告结果将显著影响大型石油企业的未来投资方向，如英国石油公司和壳牌集团等，下一代非粮食来源的生物燃料将因此得到迅速发展。
全球生物燃料专家警告说，受欧盟绿色能源目标的影响，生物燃料产量大幅提高，这将减少食物供给，在全球带来更大范围的饥荒。
先前的理论认为，生物燃料在燃烧时只排放出农作物生长过程中所吸收的碳，因此人们曾一度认为它是控制交通碳排放的良方。“间接改变土地用途” 的概念对生物燃料的地位提出了挑战。“间接改变土地用途”是指如果人们将土地中原有的农作物移除，转而种植生物燃料所需的作物，那么一些人总会因此而缺少粮食，除非人们在其他地方种植等量的粮食。
近期研究显示，为了补足种植生物燃料带来的粮食缺口，新开垦的土地中约有80%是通过砍伐森林得来。人们经常将砍伐后的森林进行燃烧，以便清除土地上的植物，但这一过程将向大气排放温室气体。由于排放量巨大，几乎能抵消所有生物燃料带来的好处。
欧盟委员会的文件显示：“专家们几乎一致认为，虽然‘间接改变土地用途’理论仍有很大的不确定性，但目前已经有强有力的证据表明其所带来的影响十分巨大。”利用亚洲的棕榈油、南美洲的大豆和欧洲的菜籽油制成的生物柴油对气候的影响均超出了传统柴油。
欧洲运输与环境联盟努沙·乌尔班契奇（Nusa Urbancic）指出：“科学家已经有足够的理由认为，当前的欧盟生物燃料政策将间接造成环境破坏，因此必须立刻终止这个错误。”
然而，约80%的生物燃料企业认为，这些科学证据不够确凿，尚未到达影响法律决策的地步。就在生物柴油争论不休的同时，科学家推举生物乙醇是更好的清洁能源替代品。国际食物政策研究中心的报告显示：“乙醇原料的‘土地用途改变’相对生物柴油较小，其中用甜菜生产乙醇的土地排放最低。”
欧盟委员会预计，如果法律将“间接改变土地用途”因素考虑进去，将严重打击生物柴油的需求。但人们对生物乙醇以及其他先进生物柴油产品的需求将出现井喷趋势。
