上海合作组织从它的第一个5年进入到第二个5年，在某种意义上说是从一个发展阶段进入到另一个发展阶段。如果说上海合作组织的第一个5年是初创时期，其特点是以基础性工作为主的话，那它的第二个5年就应该是全面发展时期，它的特点应该是不断展现出实际成果。
这是现实和形势对上海合作组织的要求，也是各成员国对上海合作组织的期望。在第二个5年里，上海合作组织在以下方面应该有更突出的表现。
上海合作组织在未来的5年中首先要在经济合作中取得突破，启动一些重要的经济合作项目，并带来可见的具体成果，使上海合作组织成员国得到实际经济利益和好处。这是上海合作组织未来5年最重要的任务之一。
努力在经济上取得突破，不意味着上海合作组织放弃或轻视安全合作。安全与经济合作之间没有矛盾，它们是相互促进的关系。安全合作仍将是上海合作组织的工作重点之一。但经济合作对上海合作组织之所以特别重要，是因为这一领域的合作相对薄弱，具体成果比较少，推动的难度也更大。而上海合作组织成员国特别是中亚国家对它的需求越来越高，这就使经济合作成为上海合作组织特别突出的问题。经济合作对于上海合作组织未来的巩固和发展又有基础性的作用和意义，它是上海合作组织凝聚力的重要来源，它能够使各成员国感受到切身的好处，它可以带动人文等其他领域合作和交流的发展，同时，经济合作还是区域经济一体化的火车头。经济合作的成果是有形的，也是能够衡量的，它是上海合作组织发展的更为明显的标志。
上海合作组织在未来5年的另一项重大任务是形成区域能源合作的构架。能源合作是上海合作组织经济合作的组成部分。还在上海合作组织的前身即“上海五国”时期，在能源领域开展合作的想法就已经出现。
上海合作组织成员国在能源问题上存在的互补性结构是其进行能源合作的基础。在上海合作组织的框架内(包括成员国和观察员国)俄罗斯、哈萨克斯坦等是能源输出大国，乌兹别克斯坦也有一定的能源输出潜力，而中国作为最大的发展中国家，也是能源进口大国。在上海合作组织框架内，形成了能源上的互补结构，而它们在地理上又构成了一个整体。这样，在上海合作组织的框架下可以形成一个完整的能源合作体系，包括供需体系和运输体系。这样一个体系的形成将对相关各国带来巨大利益，它可为上海合作组织的能源输出国提供一个稳定的销售市场，为能源需求国提供一个稳定的供应来源。这个体系的形成有利于地区的发展，有利于国际能源市场的稳定。
未来5年，上海合作组织需要巩固作为地区安全框架的地位，它的功能定位需要更加明晰化，它的作用需要更加具体化。这可以分为两个问题。一是上海合作组织以安全和反恐为主要功能之一，它有反恐地区机构以及相应的文件和合作机制，但它发挥了怎样的具体作用？其安全和反恐效果具体体现在哪些方面？这是公众对上海合作组织经常提出的问题。上海合作组织需要表明它如何打击了恐怖主义，如何使地区安全得到了改善，如何控制和减少了恐怖活动，最重要的是，上海合作组织需要证明它是这一地区有效和不可替代的安全框架。
另一个问题是，由于“颜色革命”和地区政治问题，出现了新的影响地区稳定的因素，有学者认为，在目前的条件下，中亚国家国内社会问题的激化是对中亚地区政治稳定的威胁。对于上海合作组织来说，它需要明确以什么原则、什么角色和什么方式应对这种局面，这是一个十分复杂的问题，但又是上海合作组织必须解决的问题。
上海合作组织在今后的5年里应该以更加主动和积极的姿态参与国际和地区重大事务，对国际和地区重大问题有明确的政策和行动，这样才能不断提高其国际威信，获得更为广泛的国际认可，为进一步的发展营造良好的国际环境。
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