近几年来，有关煤制油的争议也一直不断。
由于我国石油对外依存度不断提高，而煤炭资源却比较丰富，煤制油被一些专家认为是减少石油对外依存度的方法。有专家指出，从国家安全战略的角度看，“从中东进口原油需要长距离的海运，还要经过狭窄的马六甲海峡，一旦国际政治局势突变，国家石油安全可能将受到严重威胁。从这一点上说，发展煤制油是必要的。”
而且，赞成者表示，我国煤炭可采储量约在2000亿吨左右，如果按目前的22亿吨的年消费水平，煤炭可采年限在100年左右，这远远高于我国石油的可采年限。
但持反对观点的专家则认为，以一种稀缺资源去替代另一种稀缺资源并不可取。
资源风险
国家发改委能源研究所所长周大地就表示，“各国大都将煤制油当作一种技术储备，我并不反对拥有煤制油技术，并拥有一定规模，在油价比较高、煤炭生产成本不完整的条件下，可能有经济上的可行性。但要以煤炭资源替代石油，进而大规模的商用化，我个人认为这是不切实际的。”他指出，虽然中国煤炭总体储量不小，但人均煤炭占有量只有世界平均值的60%，煤炭资源也是有限的，拿大量煤炭去发展煤制油并不经济。
厦门大学中国能源经济研究中心主任林伯强也指出，煤制油是用一种稀缺资源去换另一种稀缺资源，转换之间还浪费了大量的资源。如果用每吨比热5000大卡/千克的4吨优质煤炭，转化成1吨1万大卡/千克的石油，可以计算出，其间会浪费近一半的能源。
专家表示，尽管世界上不少国家都对煤制油进行了技术储备，但真正投资进行工业化生产的国家只有南非。专家指出，上世纪50年代，南非是为了克服石油禁运，才专门成立南非沙索尔公司，通过煤间接液化技术生产汽油、柴油，这其实是不得已而为之。
一些专家还流露出一种担心：如果漠视资源的稀缺性，大量上马煤制油等煤化工项目，势必会大大增加我国煤炭的产量。那么，很可能用不了100年，我国的煤炭资源就将会消耗殆尽。
对于这一观点，神华集团表示，现在应注意对煤炭资源的保护，要节约使用，合理利用，而且现在新能源和可再生能源已经发展起来，“不必杞人忧天”。
“缓解石油紧张并寻找可替代能源已经刻不容缓。”神华煤制油董事长张玉卓说：“从国家战略角度讲，煤制油有时是不需要考虑成本的，面对能源短缺，中国必须做下去。”
技术风险
如果从纯粹的经济角度看，由于煤制油项目前期的固定资产投资金额巨大，可能面临一定的投资风险，这也是部分专家反对盲目大规模上马煤制油的原因之一。
资料显示，目前每1万吨煤制油项目的固定投资，约在1亿元左右，一个百万吨的煤制油工厂，其前期固定资产投入就要100亿元。而目前我国煤制油的研究尚处于中试阶段，最大的中试规模也只有1万吨，一些企业的中试规模只有2000吨。中试规模偏小，无疑会放大技术上的风险。
神华集团2007年年底即将投产的国内首条煤制油生产线，设计生产能力为108万吨，投资则达到100亿元。正是由于风险偏大，2004年9月，神华集团与中国人民财险、平安财险等4家保险公司签订了总额达75亿元的保单，4家保险公司共同为神华煤制油工程项目提供风险保障服务。
由于油价的屡创新高，随之而来的是，各地政府、企业都开始对煤制油跃跃欲试。国内不少大型煤业集团都进行了煤制油项目的前期准备工作，大部分项目已经提交了可研报告或者预可研报告。据中国煤炭科学研究总院化工分院的不完全统计，目前拟建和在建煤转油项目的资金规模已经高达千亿之巨。
“进行示范的目的是找到技术难点在哪里，找到解决这些问题的办法，不是让企业去赚钱。而从现在的情况看，其商业目的已经很明显，承担的风险也急剧放大。”一位煤炭工业协会的人士表示。
此外，从人民币升值的角度看，如果升值速度越快，幅度越大，进口原油成本实际降低，对煤制油也会产生较大威胁。
紧急刹车
在有关专家看来，中国煤制油发展才刚起步，就已显示出一种无序的发展状态，基本上只要有发展规划，就可以宣布将启动煤变油项目，以致对各地煤变油投资的实质情况，市场难有准确判断。
中国煤炭科学研究总院北京煤化工研究分院院长杜铭华等专家指出，在一些地区，对资源的炒作因素已胜过煤化工产业实际发展需要，一些企业明知项目上马可能性极小，却依然以煤变油的名义圈占资源，以此为要价，实际目的是采矿。
因此，在今年7月，国家发改委下发了《关于加强煤化工项目建设管理促进产业健康发展的通知》。《通知》称，煤制油品和烯烃尚处在工业化试验和示范阶段，还存在技术和工程放大风险。目前一些地方开工建设的十几万吨规模的煤制油、煤制烯烃装置多数不够经济规模，技术不够成熟，建成后将类似小炼油、小乙烯属于淘汰之列，且这类装置投资巨大，动辄几十亿，具有较大投资风险。《通知》要求各地有关部门，一般不应批准年产规模在300万吨以下的煤制油项目。
由于300万吨的煤制油项目需要300亿元左右的资金，一般企业根本没有实力承担如此巨额的投资，事实上这等于给各地的煤制油投资冲动踩了一脚刹车。
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