2006年公司经营面临管道冲击、油价高企和国际运价波动的多重考验，通过开拓海上运输业务，落实应对沿江管道对策措施，保持了业务转型过程中经营业绩的相对稳定。2006年公司共完成货运量1839万吨，周转量412亿吨千米，实现运输收入12.13亿元、发生运输成本8.52亿元，分别为年度计划的100.49%、113.50%、102.07%、104.30%。净利润同比减少6103万元，减少比例为25.46%，主要原因是:沿江管道开通，公司长江运输收入下降，毛利率下降；燃油价格上涨，公司燃油成本上升；长江航道养护费大幅上升。
公司运输业务结构发生了显著变化。受沿江管道替代影响，长江原油运量大幅下降，收入下滑；新增2艘海上油轮、期租经营2艘油轮以及平均运距的延长，使海上石油运量和周转量大幅增长，收入增长。2006年，公司共实现海运收入71,761万元，海运利润21,091万元，分别占公司运输收入的59.15%、主营业务利润的61.82%，已成为公司收入的主要来源。
公司优势：作为从事石油运输的专业化公司，经过多年的发展，拥有熟练的专业技术人员和丰富的危险品运输经验；海运船舶新、船龄短，全部为双壳船，能满足相关国际组织对环境保护的要求；造船时机把握得较好，船舶的建造成本较低。公司在航的所有万吨级以上油轮均在2001年-2004年船价低位购置，且在建所有船舶的合同价格也较低；公司所有的造船订单均已全部落实，今后几年发展的基础已经稳固；中国石化集团与本公司的实际控制人-中国长航集团签订了《加强合作备忘录》和《运输合作协议》，运量和运价有充分的保障
主要困难：沿江管道建成后，公司的长江运力富余现象明显，面临分流人员、处置资产等问题；海上运力规模依然偏小，竞争能力不强，尚未形成明显的品牌优势。受主业规模扩张需要，公司大幅举债，目前尚有8艘(含2007年交付1艘)运力在建，还需筹资近37,300万美元，公司融资和财务压力较大。
公司目前在建船还有8艘(运输能力50万吨)将在2007-2009年陆续投入运营(增长120%以上)，公司运输能力将从目前39万吨增长到89万吨，公司未来增长潜力比较大。
2006年公司报告每股收益为0.35元，对应目前股票价格的市盈率为25倍。我们预计2007年和2008年公司收入将分别增长15%和30%，每股利润将达到0.42元和0.53元，对应公司股票动态市盈率为21倍和16倍，高于国际水运公司平均市盈率为14倍的水平，比较我们2006年10月22日“推荐”评级后已经上涨90%左右，股票价格基本反映了未来两年公司业绩的增长。现在我们将南京水运公司的评级下降为“中性”。
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