当一个产品未能被批准、一个候选药物临床试验效果不佳、或者一个有希望的先导化合物被否定的时候，那些正在准备开发的手性化学，一夜之间就变成了轻飘的气球。具有讽刺意味的是，正是在这些情况下，许多成功的过程开发故事才被公开出来。例如，位于英国曼彻斯特的Avecia公司，开发了一个商业化的生产过程，将间-硝基苯乙酮对映选择性还原成(S)-1-(3-硝基苯基)-乙醇。万事具备，准备进行1000立升规模的试验，就在此时该研究项目被取消了。
该不对称合成过程的开发，是为了使合成路线达到比较好的经济学效果，因为在该合成路线中手性醇是一个关键中间体。使用Avecia公司专有的转移-氢化催化剂CATHy，转化收率可以达到95%以上，对映体过剩大于95%，催化剂用量少于0.1%mol；在100公斤反应器中4小时可以完成25公斤底物的转化。因为手性醇是一个靠前的中间体，95%的对映体过剩已经足够了。在这种情况下，不值得花费更多的时间使反应达到尽善尽美。该不对称化学涉及氢从甲酸对映选择性地转移到该底物。芳香环上的硝基是非常容易被还原的，假如使用别的催化剂可能早已被进攻了。这个反应提供了使用一种催化剂获得选择性的很好实例。
另一个商业上有可能成功但中途夭折的催化不对称化学过程开发的例子，是Solvias公司为位于巴塞尔的农业化学公司Syngenta进行的一个研究项目。该公司要求为其具有杀真菌活性的手性扁桃酰胺提供一条合成路线。在对3个对映选择性方法进行评价之后，Solvias公司采用钌-(R)-MeOBIPHEP催化剂，对(4-氯苯基)乙醛酸甲酯进行还原，制备了公斤量的手性扁桃酰胺。产品(S)-4-氯扁桃酸甲酯的制备，对映体过剩可以高达94%。游离酸经重结晶纯化，对映体过剩可超过99%。与适当的氨进行反应，生成所需要的扁桃酰胺。
该过程虽然还远未进行优化，但所达到的效率使人们完全有理由相信，该过程在技术上和经济上都将是可行的。可是Syngenta对这类化合物失去了兴趣，因此Solvias对此过程也就不能进一步研究了。然而，已经被否定的化合物重新被捡起来也不是新鲜事。假如什么时候这个项目又重新被提出来，该催化不对称化学的完美潜力最终可能被开发出来。
4 模拟移动床技术为对映体分离提供了有力手段
4.1 模拟移动床可使商业成本更具竞争力
按照Polastro的观点，目前工业应用选择的方法仍旧是传统的拆分。有些人不同意这种观点，他们认为随着规模的扩大拆分成本会迅速增加。然而，分离方法最近的进展使大规模拆分的成本更加具有竞争力。比如，在某些情况下，模拟移动床(SMB)技术可使商业规模的生产成本大幅度下降。
SMB是由连续的6至8根柱子组成的。对映体混合物在一定时间进入特定的柱子，物料从一根柱子出来，再进入下一根柱子，不同组分被收集在分离蒸发器中。体系的操作是连续的，溶剂循环使用。模拟移动床设备在商业上可以从Novasep等公司买到。根据柱子的大小，分离的规模可以从克级到吨级。这项技术已用于两个被批准的单一对映体药物艾西酞普兰(escitalopram)和舍曲林(sertraline)的活性药物成分(APIs)的制造。
按照Aerojet精细化学品公司负责技术和业务开发的副总裁Aslam A. Malik的说法，在他们的公司中SMB是成功的。该公司几年前作为定制化学公司还是相当简陋的，可是在最近3年中公司的销售额已经翻了一番。这个功劳应归功于SMB所创造的价值。该公司一个独家合成的例子，由于使用了SMB，将原来工艺中的六步化学反应减少为两步，使成本大幅度下降。
模拟移动床最大的优点是发展迅速。Malik在回顾最近工作时说，2003年10月开发的50mm直径柱装置，每个人都感到满意，可是12月的操作又变成了200mm直径柱的装置了。在短短的几个月内，分离的数量从几公斤提高到250公斤。工程师们的最终目标是要达到吨级的产量。最大的不利因素是获得SMB技术的费用太高。一套设备从建设到运转所需的钞票将近1500万美元。对于这类的投资必须要有充分的正当理由。最有说服力的论据之一，就是SMB同时涵盖工程和化学两方面的专门知识，Aerojet公司正是通过业务防范的长期历史开发了这些知识。
4.2 模拟移动床经济学的一个研究案例
为了阐明SMB的经济学，位于宾西法尼亚州的Chiral Technologies公司副总裁兼主管分离拆分的总经理Geoffrey B.Cox，举出一个从消旋中间体以商业规模合成对映体纯咪康唑(miconazole)的案例研究。咪康唑是一个用于治疗皮肤病的抗真菌药物。作为外用药，可能不需要单一对映体制剂。然而，咪康唑还可能用于其它疾病包括肺结核的口服治疗。咪康唑的口服给药新途径即将被发现，其制剂很可能是单一对映体的。而且，结构上相关的抗真菌药物也都是口服的，其中某些品种正在以单一对映体进行生产。
为了确定将消旋中间体分离成对映体合适的手性固定相和流动相，必须先进行色谱分离实验。然后将这些资料用计算机进行模拟，在每年15吨的规模上进行操作条件的优化。该过程在一个小规模装置上进行运行，以证实上述实验结果。根据原材料和人工成本加上与外源SMB操作有关的成本，对本工艺进行评价。评价结果可归纳为以下4个主要方面：收率达到96%，产品对映体纯度为99%，不需要的对映体不会被消旋，分离可直接得到对映体纯度符合要求的产物。
根据计算，制备一个99%对映体过剩的咪康唑对映体，其附加成本是121美元/公斤。这个成本是生成消旋体产品整个程序中的额外成本。其中包括SMB操作成本(95美元/公斤)和最终被丢弃的原料成本(26美元/公斤)。在加入额外成本的情况下，将中间体转化成咪康唑化学步骤的成本大约是200美元/公斤。因此，完全采用真正化学反应的成本要比分离对映体的成本会更高。
另一条路线就是从消旋体原料开始，这条路线成本可能更高或开发时间更长。结晶方法可能更为棘手，因为含有手性中心的化合物没有能迅速发生酸-碱化学反应的基团。不得不求助于催化不对称化学，这就需要将原料转化成一个合适的底物，并且选择有效的、便于使用的化学催化剂或生物催化剂。基于经济学的考虑，如何处理不需要的对映体也是一个问题。可以使之重新消旋化，再将该消旋体用于此过程。这种做法虽然理想，但并非总是可行的。在咪康唑的情形下，原料成本是32美元/公斤，再消旋不大可能使成本更低。
5 传统化学也可能达到对映体纯产品的目标
5.1 结晶动力学拆分制备(R)-氟比洛芬
Dodds & Associates LLC，是位于纽约的一家为生物技术和化学公司提供咨询服务的公司。该公司的奠基人David R. Dodds提醒人们不要忘记，采用现有化学也可能达到手性技术的目标--对映体纯产品。可以达到这个目标的任何反应都是可用的。过程化学家们正在寻求最强健、最有效率和最便宜的合成路线。选用什么样的反应将决定整个过程的成本。这个成本不仅包括各种试剂，还包括废物排放、公用工程、设备使用、单元操作和下游要求等。因此，用几个可以使总成本更低的普通反应，代替某个一流的但却非常昂贵的单一反应，在商业上可能更具有吸引力。当某个不对称反应需要一个非常昂贵的手性催化剂或手性辅助剂的时候，很可能就会出现这样的情况。
传统化学的力量，在意大利Zambon公司开发的各种路线中得到充分体现。该公司精细化学品R&D经理Livius Cotarca提供的一个实例是，从消旋非甾体抗炎药氟比洛芬(flubiprofen)分离(R)-氟比洛芬。(R)-氟比洛芬正在被研究用于治疗阿尔茨海默氏症和各种癌症。Zambon的专利工艺已放大到公斤级生产。该工艺不需要催化剂。拆分试剂是该公司合成甲砜霉素(thiamphenicol)的一个高级中间体(R,R)-对甲硫基苯基氨基丙二醇(R,R-thinomicamine)。该路线的动力学拆分，是始于一个具有酸性的苄基氢在甲醇中被一个强碱结合；当所形成的负碳离子重新被质子化时，所希望的R,R,R-异构体结晶出来，而不要的异构体留在溶液中。
5.2 哌啶诱导构型转换制备L-核糖
另一个巧妙地应用计算化学的例子，是韩国HanChem公司L-核糖的合成。该公司负责定制生产的副总裁Myung Joon Seo说，所以对L-糖大感兴趣，是因为它在制药和化妆品工业上的应用。每年对L-核糖的需求量为数吨，价格范围在700-1000美元/公斤。HanChem采用2,3,5,6-二-O-异亚丙基-D-甘露糖-1,4-内酯，通过哌啶诱导的一锅烩构型翻转制备L-核糖[Tetrahedron Lett., 44, 3051(2003)]。该反应已在5公斤规模运转。Seo希望，该过程能与迄今最好的D-右旋糖的酶促路线相竞争。如果HanChem能找到一个D-甘露糖低成本供货商，这条路线将具有竞争力。自从HanChem的开发工作开始以来，D-甘露糖的价格已经上升。
