虽然刚刚在与农业主管部门的官司中获胜，云南省农业生产资料有限责任公司有关负责人仍显出几分无奈。因为长期以来困扰化肥生产经营企业的多头管理问题仍无法得到解决。
不久前，云南省宣威市人民法院开庭审理了云南省农业生产资料有限责任公司告政府农业主管部门的案件，并当庭宣判农业局撤消对企业的罚款，成为我国化肥营销企业告赢农业部门的第一案。记者采访了解到，这起案件的根源就在于化肥生产经营的多头管理。6月11日，云南省化工行业协会复混肥分会负责人高孔亮在接受采访时表示，协会已就此事上报中国磷肥工业协会，而中国磷肥工业协会也于近日上报国家发改委，希望取消一直以来困扰化肥生产经营企业的多头管理。
2009年3月20日，云南省宣威市农业局在检查中发现，云南省农业生产资料有限责任公司宣威经营部经营未取得肥料登记证号的肥料产品：云南龙山化肥有限公司生产的通用复混肥料。宣威市农业局根据《肥料登记管理办法》给予经营单位警告并罚款人民币2万元的处罚，同时查封了其所经营的云南龙山化肥有限公司的通用复混肥70吨。对此，云南省农业生产资料有限责任公司宣威经营部不服，并对宣威市农业局提起了行政起诉。
云南农资公司宣威经营部的代理律师吉龙华表示，宣威市农业局所做处罚决定缺乏法律、行政法规依据。他们的处罚依据的是《肥料登记管理办法》(2004年7 月1日修订)，而该《办法》没有上位法的依据。1993年7月2日起实施的《中华人民共和国农业法》没有任何关于肥料登记方面的规定；修改后的《农业法》第二十五条规定，农药、肥料、种子、农业机械等可能危害人畜安全的农业生产资料的生产经营，依照相关法律、行政法规的规定实行登记或者许可制度。
业内人士指出，本案虽然是化肥经销商告农业部门，但实质却是由农业部《肥料登记管理办法》与《中华人民共和国工业产品生产许可证管理条例》管理交叉重复所引起的。目前的情况是：一个复混肥料或有机—无机复混肥料生产企业，须向质量技术监督局申请办理工业产品许可证，还必须向农业部门申请办理肥料登记证，否则就将被罚款，对此广大化肥生产企业很有意见。据了解，按照办理肥料登记证的规定，复混肥料和有机—无机复混肥料需要每一种型号办一个证，一般企业要办理十多个登记证，大的企业要办理上百个登记证，要花费十几万元甚至几十万元，增加了企业的负担。
业内人士透露，农业部门《办法》执行起来很难做到公正、公平，容易产生腐败。农业部门委托各地农业三站的人员来执行《办法》的监管，而目前县以下的农业三站大多建设了很多生产厂，很多人搞肥料经营。在执行过程中，他们既是运动员，又是裁判员，很难做到公正、公平。如本案中宣威市农业局执法人员又身兼配肥站负责人。
云南农资公司宣威经营部负责人说，自宣威市农业局处罚、查封他们所销龙山复合肥后，原购买的农户纷纷退货，要求赔偿，并一致认为该经销商在卖假货，对经销商和公司经营部的声誉造成非常恶劣的影响，给公司造成直接间接损失近20万元。
在采访中，其他一些化肥生产和经营企业也表示有过类似的遭遇。化肥生产企业云南祥丰化肥公司的负责人说，企业的经销商不堪承受罚款，罚款的费用只好由企业承担，他们不得不忍气吞声。各地农业部门对企业的罚款金额不一，使企业将大部分精力和金钱花在与农业部门的周旋协调上面，对正常的生产造成很大的影响。为此，他们希望有关部门能按照今年3月份国家发改委等十部委联合发出的《关于做好当前春耕化肥供应工作的通知》精神，各部门各司其职：工业部门组织化肥企业搞好生产；农业部门组织好测土配方施肥工作，指导农民科学施肥。
楚雄龙润丰化肥公司的负责人认为，化肥生产执行生产许可证管理，企业必须办理工商管理部门注册手续，取得营业执照，还要取得环保、安全、卫生等有关部门的许可，才能从事生产、销售。化肥生产质量管理执行国家标准、行业标准，化肥质量监测部门对生产企业实行定期、不定期抽查，公布检测结果，并有相关处罚规定。而农业部门的《办法》属重复管理，有行业垄断的嫌疑，同时也是越权行为。
据云南省化工行业协会复混肥分会负责人介绍，农业部门的《肥料登记管理办法》一经实施，便引起了众多化肥企业的异议。2005年9月，云南化工行业协会向国务院法制办呈递了报告，要求废止或修改该《办法》；2006年9月，农业部试图将《办法》（规章）升格为《条例》（行政法规），但由于遭到广大化肥企业的反对而不了了之；2006年2月中国磷肥工业行业协会、2008年7月云南化工协会均写报告给国务院法制办，要求废止或修改《办法》，却一直没见下文。
中国磷肥工业协会负责人张永志表示，按照国务院常务会议精神，应修改或废止农业部《肥料登记管理办法》。如果农业部不修改《肥料登记管理办法》，希望国家发改委和国务院法制办等相关部门能尽快形成共识，取消对化学肥料的登记，给企业、经销商一个公平、公正的市场竞争环境。
