我国化肥行业目前所处的困境是内外部因素交织的结果：外部因素主要是严格且不稳定的国家限制出口政策，以及化肥生产所需的能源和原材料价格的大幅上涨；内部因素是多年来积累的深层次矛盾日益凸显出来，原料结构较为单一、生产成本较高、产业集中度较低、技术水平不高等问题长期悬而未决。因此，要实现化肥产业发展方式的根本转变，不但要解决行业当前发展中遇到的困难，更应着眼于解决行业发展的深层次矛盾。
突破资源瓶颈 提高保障能力
能源、资源瓶颈一直是化肥行业生存和发展的严重制约因素，化肥行业的经济效益受能源价格与硫资源价格的影响极大，化肥行业应当从根本上解决制约行业发展的问题。如鼓励能源企业与化肥企业实现上下游一体化经营，加强硫资源的回收和钾资源的勘探等，从而提高化肥企业的资源保障能力。
由于国际钾肥供应端的寡头控制，造成国内钾肥价格大幅上涨，我国农民为此每年要多支出200多亿元。我国一定要下大力气打破钾肥垄断，除加快国内钾肥项目建设外，还应鼓励企业走出国门开发境外资源。对此，国家应该制定明确的政策。
加大支持力度 加快技术改造
化肥项目效益不高，企业投资搞技改的积极性相应较低。国家应加大财政资金的支持力度，鼓励企业加快原料结构调整等的技术改造力度。自2004年以来，我国已陆续安排了一批化肥行业结构调整项目，有效地提高了低成本化肥的供应能力。今后，我国还应再接再厉给予重点支持，加快推动化肥行业的技术改造步伐。
我国化肥行业在多年来消化吸收引进技术的基础上，已初步具备了自主创新和自我发展的能力。“十五”及“十一五”期间，随着大型技术装备国产化和氮肥原料路线改造、低品位磷矿利用、盐湖卤水提钾等工业化试点工作的展开，我国化肥行业已经实现了年产30万吨合成氨、80万吨硫酸、30万吨磷酸、60万吨磷铵、 100万吨氯化钾等大型成套技术装备国产化的目标。在化肥装置的技术改造方面，我国开发了新型气化、变换、净化、合成、尿素改造等多种新技术和催化剂，改造技术居世界领先水平。目前，世界上没有任何一个国家具有我国丰富的化肥生产、技术开发、工程设计和技术改造经验。我国化肥产业已具备了“中国特色、世界水平”，有能力向国外输出化肥技术和装备，并已成功迈出国门。
但是，我国在新型气化炉的开发方面还存在很多问题，主要是国内装备制造能力较弱，有些设备质量不过关、容易损坏，设计、施工、操作等方面也缺乏经验，影响了示范工程的稳定运行。对此，国家应加大支持力度，支持国产新技术的研究和开发，力争在2011年前实现大型粉煤气化制合成氨的国产化。
提高储备规模 实施兼并重组
化肥领域现有的商业储备是远远不够的，必须开展国家化肥储备。要将化肥储备提高到与粮食储备相当的地位，建立千万吨级的国家化肥储备能力，使其占化肥总产能的20%左右。此外，国家化肥储备还应考虑利用生产企业和流通系统的储存能力，以优化资源利用。
此外，对于化肥产业，还应鼓励能源生产、化肥生产、化肥营销等部门的兼并重组，力争在“十二五”期间，在化肥行业内形成几个上下游一体化、具有较强影响力的综合性化肥企业集团。同时，淘汰一批落后化肥产能。但是，对于落后企业的退出，国家应有补偿机制，如环保指标有偿转让、化肥产能指标转让等措施，通过市场机制促进企业的兼并重组。
