草甘膦的推广应用面临三方面的问题。
一是抗性。草甘膦长期使用势必产生抗性。抗草甘膦转基因作物已在23个国家的1.14亿公顷土地上种植，目前已发现对草甘膦具抗性的杂草有35种。由于抗草甘膦转基因作物的根茬、种子存在，会形成抗草甘膦的“自生作物”，严重影响产量、品质，需使用抗草铵膦等其他除草剂。另外，一些抗草甘膦作物会与某些杂草杂交，产生抗性杂草。
二是资源。草甘膦的主要原料磷是一种非再生资源，同时也是一种人类生活中必不可少的重要物质。磷更是一个重要战略物资。据估计，中国高品位磷资源按现在的用量，只能保证未来20年使用。因此，开发一些非磷的非选择性除草剂来替代含磷非选择性除草剂用于转基因作物，是大势所趋。
三是品种。如前述的抗性原因和资源原因，人们在继续发展转基因作物的同时，还积极开发抗其他除草剂的转基因作物，同时开发其他非选择性除草剂用于替代草甘膦等。草铵膦、草硫膦、溴苯腈等与草甘膦是既竞争又互补的非选择性除草剂。这些除草剂也有它的转基因作物，其中草铵膦至今未发生抗性。除此之外，还有抗ALS抑制剂、转基因作物抗HPPP抑制转基因作物等。
除草剂2,4-D与麦草畏的抗性转基因作物，估计不久可上市。另外，抗麦草畏的转基因大豆、玉米将于2012年上市。据报道，这种转基因大豆可耐2.8千克/公顷计量的麦草畏，此两种除草剂价格低廉，它们的转基因作物上市后，将对草甘膦形成很大冲击。
