尽管山西省政府宣称煤炭资源整合已取得阶段性成效，但随着该省一批大型煤炭企业的横空出世，一系列亟待善后的问题也浮出水面。
据了解，目前比较棘手的问题是停产的矿井何时能够完成技改、投入生产。在今年年初，整合后的 1000余座矿井中仅有400多座在正常生产，其他的600多座需要通过技术改造，使之采矿条件达标之后才能投入运作。这600多座矿井何时能够通过技改投入生产，这对于山西省煤炭产量的提升，以及全国下游煤化工产业的发展来说至关重要。
此外，山西如何借煤改东风实现产业升级也是需要正视的问题。据了解，山西省建设国家资源型经济转型发展综合配套改革试验区的申请已经被国家相关部门接受，目前正在批复中。凭借此次山西煤改的东风以及建设中西部能源经济特区的有利条件，实现山西煤炭工业的可持续发展是山西省接下来煤炭行业的发展方向。大力发展煤炭行业的下游产业与相关产业，提高煤焦电化一体化程度，促进现代煤化工的发展以及煤炭资源清洁利用技术的推广是山西省煤炭业应该思考的发展方向。
根据2009年出台的《山西省煤化工产业调整和振兴规划》，到2011年，山西煤化工产业销售收入达到850亿元，而这将比2008年的507亿元增长逾67%，增长近七成。业内人士表示，要想实现这个目标，必须解决煤改过程中浮现出来的这些问题。
据了解，经过一年多强力推进，山西省煤矿井由2600座减少到1053座，办矿主体由2200多个减少到130个，70％的矿井生产规模达到90万吨以上，30万吨以下煤矿全部淘汰，保留矿井全部实现机械化开采。截至当前，煤矿整合重组协议签订率已达到98.5％，兼并重组主体到位率达到96％，采矿许可证换证率达到90％，被整合重组煤矿符合条件的正陆续复工复产，保留矿井技术改造有序进行，部分资源枯竭、不具备安全生产条件的矿井正在实施关闭。
